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在子實體中,雙核菌絲整齊地排列在腹面,形成子實層(hymenium,
複數hymenia)。由雙核菌絲頂端發育成原擔子(probasidium)。原擔子剛開始的時候擁有2個細胞核,而後核融合成一個雙倍體的細胞核,此核又經減數分裂(meiosis)成4個單倍性的核,同時產生橫隔膜(septum,
複數septa),結果變成由4個細胞組成的擔子,每個細胞中均含一核,除最上端一個細胞向上產生管狀擔子小梗(sterigmatum,
複數sterigmata)外,其餘都向旁邊產生管狀小梗。細胞核遷移到小管梗頂端,小梗頂端膨大而長出擔孢子。此小梗繼續生長,把成熟的臘腸形擔孢子帶出膠質團外,並彈射到大氣中,完成孢子的傳播工作。有些擔孢子萌發後形成單核菌絲,如無可親和的多條菌菌絲與其質配時,它還可用出芽方式產生許多微小的分生孢子(microconidia,
單數microconidium)。分生孢子彎月形或馬蹄形、單核,大小比擔孢子小很多;分生孢子萌發後仍可形成單核菌絲,此時為無性繁殖的一段生活史,直到碰到另一可以配對的單核菌絲才融合成雙核菌絲期,繼續完成形成子實體的生活史階段。
黑木耳是一種以木材為營養源的腐生型好氣性真菌,喜於偏微鹼性的環境中生長,屬木材腐朽菌。台灣早期採用段木天然培植法,將段木堆放噴水,待木頭腐爛至差不多時,即予以打洞接種,並以滾燙的臘油塗抹封住洞口,然後直立架於瓜蓬下或室內,持續早晚灑水保持木頭的濕度,氣候合適即自木頭長出子實體出來。
最近幾年的科學研究,發現黑木耳子實體中所含的約50﹪非澱粉類多醣體與不易消性的食用纖維(纖維素、半纖維素及果膠等)及白木耳所含的胞內與胞外多醣體,亦在抗癌及降血膽固醇方便,倍受關注。中國菜料理所用的的黑木耳與白木耳所特有的膠質特性與口感,是基於這些菇子實體所含的酸性多醣成分的結構特性所致,且同時這些多醣亦與降低膽固醇作用或抗腫瘤作用的活性有關係。二十幾年前台灣自日本引進太空包技術取代段木栽培時代,使得黑木耳的生產量大幅提升,並可降低生產成本,加速生產速度,黑木耳之太空包栽培一時蔚為一種新興的事業。
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